背景：根据全基因组分析，三阴性乳腺癌（TNBC）可至少细分为6种分子亚型，如基底样1型（BL1）、基底样2型（BL2）、免疫调节型（IM）、间充质型（M）、间充质干细胞型（MSL）和管腔雄激素受体型（LAR）。然而，导致不同亚型间预后、治疗敏感性等方面的差异性的潜在驱动基因突变仍需深入探讨。

方法：本研究中拷贝数异常、体细胞突变及基因表达等数据来自METABRIC和TCGA数据库。TNBC亚型根据Lehmann’sTNBC分子分型工具定义。

结果：每个亚型均显示出截然不同的临床病理特征。多因素模型显示，IM亚型预后较好，LAR亚型预后最差。BL1亚型基因组稳定性最差，TP53突变率高及DNA修复相关基因（BRCA2、MDM2、PTEN、RB1&TP53）拷贝数缺失率高。LAR亚型肿瘤突变负荷较高，以PI3KCA、AKT1和CDH1基因突变最显著。M和MSL亚型高表达血管生成基因标记物。IM高表达免疫相关基因及检查点抑制剂基因如PD1、PDL1及CTLA4。

结论：本研究首次揭示了TNBC亚型的基因组异质性，为将来研发特异性的抗肿瘤治疗作铺垫。

既往研究提示不同TNBC亚型的预后及pCR不同。由于非选择性的TNBC患者从靶向治疗中的临床获益较差，因此有必要根据TNBC亚型优化治疗策略开展进一步研究。然而，导致不同亚型间预后、治疗敏感性等方面的差异性的潜在驱动基因突变仍需深入探讨。

本研究利用METABRIC数据库中355份和TCGA数据库中195份TNBC标本的转录及基因组数据进行分析。

1、 两个数据库的TNBC标本信息分析结果验证了Lehmann‘sTNBC分型方法；

2、 不同TNBC亚型临床病理特征及预后各异：

1) 根据PAM50分型结果，大多数TNBC属于基底样型（76%）、HER2富集型（15%）、正常型（5%）和luminalA&B型（2%）。BL1、IM和M亚型主要由基底样型肿瘤组成，LAR和MSL亚型分别由75%HER2富集型及28%正常型肿瘤组成；

2) BL1亚型主要为年轻患者而LAR亚型则相反；BL1、IM和M亚型肿瘤级别较高，LAR和MSL亚型肿瘤级别较低；浸润性小叶癌和浸润性髓样癌常见于LAR和IM亚型；

3) HER2富集亚型预后最差。单因素及多因素分析结果均提示LAR亚型预后较差，IM亚型预后较好。

3、 不同TNBC亚型突变类型各异：

a) LAR亚型突变负荷较高而MSL亚型突变负荷较低；

b) TNBC整体标本的外显区域中，TP53、MUC16和PIK3CA是最常见的突变基因，BL1亚型的TP53突变率最高；与其他亚型相比，LAR亚型的突变类型明显不同，以PIK3CA、KMT2C、CDH1、NF1和AKT1基因突变率最高。

4、 不同TNBC亚型基因组稳定性不同：根据HR状态、PAM50分型及Lehmann‘sTNBC分型进行染色体不稳定性评分（CIN）

1) ER-/HER2-及基底样癌、BL1和M亚型TNBC的CIN较高；

2) TNBC总体标本中，MYC、PIK3CA、CDK6是最常见的扩增基因，MAP2K4、TP53和NCOR1是常见的半合子（HETD）/纯合子（HOMD）缺失基因；

3) BL1亚型拷贝数异常发生率最高，以MYC、PIK3CA、CDK6、AKT2、KRAS、FGFR1、IGF1R、CCNE1、CDKN2A/B基因高扩增水平以及DNA修复相关基因如BCRA2、PTEN、MDM2、RB1、TP53基因的高频HETD/HOMD为主；

4) LAR亚型中EGFR、AKT1基因扩增水平较高以及CCND3、AKT2、ESR1、CDKN2A/B、SMAD4、NF1、NCOR1、TP53和MAP2K4基因高频HETD/HOMD；

5) M亚型中DNMT3A、TP53基因扩增水平较高以及PDGFRA、RB1和MAP3K1基因高频HETD/HOMD。

5、 根据Hallmarks of Cancer标记物探讨不同TNBC亚型的生物学行为

结果显示BL1亚型与“基因组不稳定及突变”相关，IM亚型与“规避免疫破坏”及“促瘤炎症”相关，M亚型与“诱导血管生成”相关，MSL亚型与“侵袭与转移激活”及“诱导血管生成”相关。

我们的研究能大体重复Lehmann‘sTNBC分型结果。不同TNBC亚型具有不同的临床病理特征及总体生存预后、PAM50基因分型及免疫组化分型分布。值得注意的是LAR亚型突变负荷较高，以PI3K通路突变为主，而MSL亚型突变负荷最低。这可部分解释了这两个亚型分别对应PAM50分型中的HER2富集型及正常型。

尽管绝大部分TNBC为浸润性导管癌，但我们的研究可见部分LAR及IM亚型包含浸润性小叶癌及浸润性髓样癌。与LAR亚型类似，小叶癌的PIK3CA、AKT1、CDH1基因的突变率高，而与IM亚型类似的髓样癌则富含肿瘤浸润淋巴细胞，这可通过表达增强的免疫检查点基因及免疫反应标记物检测。

此外，可根据不同TNBC亚型的突变及拷贝数异常类型研发新型的靶向治疗。如BL1亚型具有高度基因组不稳定性，TP53、BCRA1/2及RB1基因缺失及PPAR1基因扩增，提示该亚型可能对PARP抑制剂敏感。RB1、CDK4及CDK6表达水平与CDK4/6抑制剂敏感性相关，CDK4和CDK6mRNA表达水平低但RB1高表达的LAR及MSL亚型可能对CDK4/6抑制剂敏感。

MSL亚型过表达“诱导血管生成”标记物即PDGFR和VEGFRmRNA，可能从抗血管生成药物治疗获益。M亚型高表达EGFR和Notch通路及EGFR、NOTCH1、NOTCH3mRNA，提示针对EGFR和Notch通路的靶向治疗可用于这类肿瘤。高表达免疫相关标记物及免疫检查点抑制剂基因的mRNA是IM亚型与其他TNBC亚型的主要区别，因此这类肿瘤很可能从检查点抑制剂中获益。

除了MSL亚型，其他TNBC亚型均出现高频MYC基因扩增，BL1和M亚型还出现相应的mRNA过表达。近期研究显示选择性抑制CDK1/2和剪切酶核心成分BUD31可诱导MYC过表达的TNBC肿瘤凋亡，这提示TNBC特别是BL1及M亚型可从CDK1/2及剪切酶抑制剂中获益。

我们的研究首次从体细胞突变、拷贝数异常及基因表达水平差异分析了不同TNBC亚型的生物学异质性，为研发新型靶向抗肿瘤治疗作铺垫。