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你真的了解生物医药的常用数据库及网站吗?(VIP说强烈推荐)

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2022-05-20   来源 : 药学前沿进展

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生命科学、医学、化学、药学等领域的科研人员,经常需要借助各种在线数据库,以便高效完成科研工作。
因此整理了生物医学、化学、新药研发等常用数据库及网站向大家分享,主要分为以下8大类,欢迎交流补充!


  1. 文献检索网站

  2. 基因组、蛋白质组数据库

  3. 蛋白序列、基因序列、CRISPR工具网站

  4. 生信分析工具网站

  5. NovoPro(集大成的在线工具)

  6. 化学小分子药物数据库

  7. 专利下载数据库

  8. 新药研发常用数据库及网站


01文献检索网站



1、PubMed(很常用)

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/


2、Sci-hub(一些收费的文献,可以尝试在这里免费下载)

https://sci-hub.se/


3、Google Scholar(搜索能力很强,但有使用门槛)

https://scholar.google.com/


4、Xmol(搜索界面很友好,可按影响因子及年限搜索)

https://www.x-mol.com/


5、必应(Google Scholar用不了时用它)

https://cn.bing.com/


6、web of science(文献搜索利器)

https://www.webofscience.com/



02 基因组、蛋白质组数据库



1、Uniprot(蛋白质的各种数据,很全很详细)

https://www.uniprot.org/


2、PDB(蛋白质晶体数据,应有尽有)

https://www.rcsb.org/


3、KEGG(基因组、信号通路等信息)

https://www.genome.jp/kegg/


4、Genecards(基因数据库)

https://www.genecards.org/


5、Gene Ontology(基因、信号通路)

http://geneontology.org/



03 蛋白序列、基因序列、CRISPR工具网站



1、NCBI Blast(常用)

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi


2、Clustal Omega(好用)

蛋白序列、DNA序列比对。

https://www.ebi.ac.uk/Tools/psa/emboss_water/

多序列比对

https://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalo/


3、Primerbank

有很多被验证过好用的qPCR引物(人和小鼠基因)。

https://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/


4、Broad sgRNA Database(已验证的sgRNA库)

哈佛大学与麻省理工学院的Broad研究所设计的已验证过的gRNA数据库,方便查询。

https://www.genscript.com/gRNA-database.html


5、CHOPCHOP(sgRNA在线设计)

http://chopchop.cbu.uib.no/


6、CRISPick(sgRNA在线设计、及查询)

哈佛大学与麻省理工学院的Broad研究所提供的工具。

https://portals.broadinstitute.org/gppx/crispick/public


7、Addgene(质粒序列数据库)

https://www.addgene.org/


8、Snapgene(质粒序列数据库)

https://www.snapgene.com/



04 生信分析工具网站



1、GEPIA(基因表达分析)

由北京大学的团队开发的基因表达分析网站,可做TCGA+GTEx数据分析等。

http://gepia.cancer-pku.cn/


2、R2(生信分析工具)

https://hgserver1.amc.nl/cgi-bin/r2/main.cgi


3、Kaplan-Meier Plotter

对多种肿瘤标志物进行大数据分析

https://kmplot.com/analysis/


4、Human Protein Atlas

用于人类蛋白质全基因组分析,包括组织、大脑、单细胞、亚细胞、免疫细胞、mRNA、代谢等数据。

https://www.proteinatlas.org/


05 NovoPro(集大成的在线工具)

https://www.novopro.cn/tools/

在线工具:

  • 多肽性质计算器
  • 密码子优化工具
  • 多肽抗原设计
  • 核酸序列DNA GC含量计算器
  • 重复序列查找
  • 蛋白质二级结构定义工具
  • 查找回文序列
  • 蛋白疏水性分析
  • 蛋白质消光系数计算器
  • 寡核苷酸(引物)计算器
  • 简并密码子/简并引物设计(deCoDer-R)
  • 简并密码子/简并引物设计(非冗余)(deCoDer-NR)
  • 计算简并密码子编码氨基酸
  • 蛋白溶剂可及表面积计算器
  • 蛋白质信号肽预测
  • 蛋白质跨膜区预测
  • 蛋白质核定位信号预测
  • 蛋白二级结构预测
  • 硒代甲硫氨酸替换成甲硫氨酸
  • 多肽序列转成SMILES
  • 多肽库设计
  • 蛋白酶消化工具
  • SMILES转成3D结构模型
  • 3D模型分子转成SMILES
  • NCBI BLAST(秒开)
  • 3D结构模型在线绘图
  • 结合能计算亲和力
  • 抗体可变区序列编号
  • 抗体可变区FR/CDR标注
  • 多序列比对
  • 环形DNA比对工具
  • 序列文件格式转换
  • 蛋白质/多肽等电点计算器
  • 蛋白质可溶性预测
  • 双序列比对(全局比对)
  • 双序列比对(局部比对)
  • 蛋白质无序区域预测
  • 蛋白质motif分析
  • 蛋白质SDS-PAGE显示分子量预测
  • 小分子相似性计算
  • 二级结构与序列美化展示
  • 离心机转速与离心力在线换算

格式转化工具:

  • 反向核酸序列互补转换

  • 反向翻译

  • FASTA序列拼接

  • EMBL格式转换为FASTA

  • EMBL翻译后序列提取

  • EMBL序列特征提取

  • DNA序列过滤器

  • 蛋白质序列过滤器

  • GenBank转换为FASTA

  • GenBank序列特征提取器

  • GenBank翻译提取器

  • 单字母简写转换成三字母氨基酸

  • 提取指定位置DNA序列

  • 提取指定位置蛋白质序列

  • 按密码子拆分DNA序列

  • FASTA拆分

  • 三字母氨基酸转换成单字母缩写

  • 从窗口提取DNA序列

  • 从窗口提取蛋白序列

序列分析工具:

  • 密码子点阵

  • 密码子频率及频次计算工具

  • CpG岛预测

  • 计算DNA分子量

  • DNA模式查找

  • DNA碱基统计

  • DNA模糊搜索

  • 蛋白质模糊搜索

  • 序列相似性计算

  • 多条蛋白质序列反向翻译

  • DNA序列突变成内切酶位点

  • 开放阅读框ORF查找

  • 成对排列密码子

  • 成对排列DNA

  • 成对排列蛋白质

  • PCR引物性质计算

  • 根据引物模拟PCR产物

  • 蛋白平均疏水性计算

  • 蛋白分子量计算

  • 蛋白质模式搜索

  • 蛋白氨基酸统计汇总

  • 虚拟限制性内切酶酶切

  • 酶切位点汇总

  • DNA序列翻译成氨基酸序列


06 化学小分子药物数据库



1、PubChem

含有机小分子生物活性数据、生环化材中应用分子的数据模型库,可搜索到目标化合物相关的专利及文献。

https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/


2、新版有机人名反应数据库(Organic Name Reactions)

非常全,包括人名反应的反应机理、参考文献。

https://www.drugfuture.com/Organic_Name_Reactions/index.html


3、药物合成数据库检索系统(Drug Preparation Database)

https://www.drugfuture.com/synth/synth_query.asp


3、化学物质索引数据库(Chemical Index Database)

含有大量具药理活性及生物活性的化学物质信息数据

https://www.drugfuture.com/chemdata/index.aspx


5、ChemBlink

来自全球的化学物质在线数据库

https://www.chemblink.com/


6、化学物质毒性数据库(Chemical Toxicity Database)

收载约15万个化合物的有关毒理方面的数据,如急性毒性、长期毒性、遗传毒性、致癌与生殖毒性及刺激性数据等。

https://www.drugfuture.com/toxic/


7、药学数据库(MedPeer Drugs Database)

来自美国、欧盟、日本、加拿大等国家权威数据信息,药物、疾病、靶点数据。

https://pharmacy.medpeer.cn/


8、药物信息网(非常全)

提供超过 24,000 种处方药和非处方药的详细和准确信息。

https://www.drugs.com/



07 专利下载数据库



1、美国FDA药品专利数据库(U.S. FDA Drugs Patent Database)

https://www.drugfuture.com/fda/drugpatent.aspx


2、中国专利全文下载

https://www.drugfuture.com/cnpat/cn_patent.asp


3、美国专利全文下载

https://www.drugfuture.com/uspat/us_patent.asp


4、欧洲专利全文下载

https://www.drugfuture.com/eppat/patent.asp


5、Soopat专利搜索

http://www.soopat.com/


6、Patsnap智慧芽全球专利数据库(有的需要收费)

https://www.zhihuiya.com/products.html



08 新药研发常用数据库及网站


1、美国FDA药品数据库(U.S. FDA Drugs Database)

https://www.drugfuture.com/fda/


2、中国药品注册数据库(Chinese Marketed Drugs Database)

https://www.drugfuture.com/cndrug/


3、美国FDA批准药物非活性成分数据库(Inactive Ingredient Search for Approved Drug Products)

含有FDA上市产品中包含的辅料信息数据。

https://www.drugfuture.com/fda/IIG_query.aspx


4、FDA药品注册法规

https://www.registrarcorp.com/


5、Drugbank Online(临床试验数据库)

https://go.drugbank.com/


6、药用辅料手册(Handbook of Pharmaceutical Excipients)

最权威的制剂辅料专著!

https://www.drugfuture.com/excipients/browser.html


7、药品标准查询数据库(Drug Standard Database)

https://www.drugfuture.com/standard/index.html


8、ICH指南(国际人用药品注册技术协调会)

https://www.ich.org/


9、美国药典在线

https://www.drugfuture.com/Pharmacopoeia/usp32/


10、美国药典委员会USP

https://www.usp.org/


11、欧洲药典委员会EDQM

https://www.edqm.eu/en/home


12、国家药典委员会

https://www.chp.org.cn/


13、美国药品监督管理局FDA

https://www.fda.gov/


14、欧洲药品监督管理局EMA

https://www.ema.europa.eu/en


15、国家药品监督管理局NMPA

https://www.nmpa.gov.cn/


16、国家药品监督管理局药品审评中心CDE

https://www.cde.org.cn/




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